Якщо згадати про те, що дисбактеріоз є наслідком інших патологічних станів і не має характерних симптомів, стає зрозуміло, що за одним лише клінічним проявам поставити діагноз неможливо.
Основним підтвердженням дисбаланс кишкової мікрофлори залишаються аналізи на дисбактеріоз, які виконують класичним бактеріологічним методом або більш сучасним біохімічним.